Обучение по магистерской программе предусматривает очную форму. Нормативный срок обучения в очной форме составляет два года.
На магистерскую программу принимаются лица православного вероисповедания мужского пола, являющиеся гражданами Республики Беларусь или иных стран (стран СНГ, стран дальнего зарубежья), окончившие полный курс духовной семинарии по пятилетней или четырехлетней программе, либо имеющие диплом государственного высшего учебного заведения о высшем образовании по специальности «теология».
Поступление на магистерскую программу осуществляется на основе результатов устных экзаменов по догматическому богословию, по дисциплине выбранной специализации, по современному иностранному языку и собеседования.
При поступлении абитуриент предоставляет письменную рекомендацию от правящего архиерея.
Обучение в магистратуре имеет преимущественно специализированный характер. Прием в магистратуру происходит в соответствии с заранее выбранной специализацией на одно из отделений Минской духовной академии.
Выпускники Минской духовной семинарии, прошедшие обучение по 5-летней программе и защитившие в рамках этой программы бакалаврскую работу, при зачислении в магистратуру имеют преимущество.